Помірна кількість м'яких підводних рослин (кушир, рдест, елодея та ін) корисні для риб. Личинки нормально розвиваються, приклеюючись до них, а якщо падають на дно - гинуть. Рослини збагачують воду киснем, у їхніх заростях розмножується живий корм для риб.

Але м'які рослини швидко розростаються і засмічують водойми. Вони ускладнюють переміщення риб, а сгнівая, викликають зимові замори. Найбільш шкідлива елодея канадська.

Тверда водяна рослинність (очерет, лепеха, осока, тощо) затемнює і засмічує водойми, знижує температуру води, виснажує грунт; розкладаючись, створює дефіцит кисню. Знижує рибопродуктивність та експлуатаційні якості ставків. Зайву тверду рослинність викошують перед цвітінням на 20-30 см нижче поверхні води камишекосілкамі. З неї готують пасту і додають у корм коропам. Проти надводних рослин до цвітіння використовують гербіциди. Для боротьби з підводного рослинністю містять 2-3-річних товстолобиків і розводять качок.

У ставках зустрічаються іхтіофаги (пухирчатка звичайна і альдрованда), що живляться дрібними тваринами. Вони знищують мальків риби і є її конкурентами в харчуванні. Їх видаляють з водойми сачком.

Масова загибель  відбувається при надлишку в ставку водорості Хари смердючої, що володіє неприємним запахом. Синьо-зелені водорості викликають літнє «цвітіння» води в малопроточних і стоячих водоймах, виділяючи речовини, отруйні для більшості риб і впливають на вміст у воді кисню, вуглекислоти і т.п. Це призводить до захворювань і масових заморам риби. У людей і тварин, які їдять рибу або п'ють воду з «квітучих» водойм, може виникнути гаффская хвороба тощо.

Водорості водяна сіточка, спірогіра та ін утворюють у водоймі, де багато органічних і мінеральних речовин густу товсту загниваючу масу, утрудняючи переміщення риб і затененя воду.

Шкідливі водорості видаляють сачками. Виловивши рибу, вносять у воду сульфат міді або хлорне вапно. Щоб ставки не заростали водоростями, регулюють вміст у них органічних і мінеральних речовин.